重庆净化车间和无尘车间的主要区别在于它们的设计和建造标准。

净化车间主要是为了保持室内空气和环境的清洁度，通常用于医疗、食品加工、实验室等行业，以满足相关行业的卫生要求。而无尘车间则更注重空气的过滤和净化，以减少尘埃和其他污染物的含量，通常用于电子、半导体、光学等行业，以提高产品的质量和生产效率。